Há basicamente três tipos de processos diferentes para a produção do biodiesel: craqueamento, esterificação e transesterificação - o mais aplicado.

A seqüência tem início com a usina de biodiesel recebendo a matéria-prima na forma bruta ou já refinada. “Na forma bruta, a matéria-prima passa por um sistema de pré-tratamento para adequação da qualidade em termos de acidez, umidade, gomas, dentre outros parâmetros, para então ser encaminhada ao sistema de transesterificação, onde o óleo vegetal ou o sebo bovino são transformados em biodiesel, através da reação catalítica com metanol. Como co-produtos, são produzidos glicerina, ácido graxo, gomas, entre outros. A separação da glicerina do biodiesel, por exemplo, é feita através de decantadores. Já a matéria-prima refinada segue direto para o sistema de transesterificação, uma vez que já está adequada para a produção do biodiesel”